Covid-19, le scénario noir : et si c’était parti pour durer... des années (avec des milliers de morts chaque année) ?

Atlantico : Une multitude de scénarios existent quant au futur de l’épidémie. Pour certains, un scénario noir où l’épidémie s’installerait durablement dans le temps est à prévoir. Une récente étude parue dans Nature appuie cette thèse. Quelles sont les données qui pourraient nous laisser penser que ce scénario est possible ? Qu’est-ce que cela impliquerait pour nos sociétés? Est-ce que cela signifie pour autant que nous devons apprendre à "vivre avec" le virus ?

Claude-Alexandre Gustave : L’étude parue dans Nature présente un algorithme regroupant les différents scénarios possible pour le futur de cette pandémie (cf. ci-dessous). Parmi ceux-ci, certains peuvent d’ores-et-déjà être écartés. Reprenons cet algorithme item par item.

La branche droite de l’algorithme suit l’hypothèse d’une immunité (naturelle ou vaccinale) pérenne, associée à un virus qui n’évolue pas et ne parvient pas à échapper à notre système immunitaire. La conclusion étant alors une éradication prochaine ou des récidives possibles si un réservoir animal persistait. Ces 2 premiers scénarii sont d’ores-et-déjà écartés pour deux raisons :

1. Notre immunité n’est pas pérenne. L’immunité contre les Coronavirus endémiques humains (hCoV), responsables du rhume commun ou de pneumonies virales, n’est pas pérenne et peut nous laisser contracter 2 à 3 infections par le même hCoV chaque année. Il n’est donc pas exclu que le même phénomène ne soit observé avec SARS-CoV-2 et la COVID. On sait que la réponse immunitaire humorale (anticorps) et cellulaire (lymphocytes T) spécifique de SARS-CoV-2 persiste au moins 6 à 8 mois après l’infection. Cependant, on ne connaît toujours pas les « corrélats de protection », c’est-à-dire le niveau de réponse immunitaire associée à une protection clinique contre la maladie ou contre ses formes graves. Pour le virus SARS-CoV (apparu en 2003), on sait que la réponse cellulaire (lymphocyte T) est toujours détectable chez les survivants 17 ans après leur infection. Cependant, on ne sait absolument pas si cette réponse les protégerait d’un SRAS sévère ou fatal en cas de réinfection. Pour SARS-CoV-2, on sait déjà que les réinfections sont possibles. Avant l’apparition des nouveaux variants, plusieurs cas de réinfections avaient été publiés toujours dans un délai de 3 à 6 mois après la primo-infection. Ces cas semblent rares sur la base de la littérature scientifique mais c’est une illusion liée à une limitation intrinsèque à leur documentation : selon l’OMS, seuls 10% des infections par SARS-CoV-2 sont détectées au niveau mondial (en France, nous en détectons plutôt 30%). Pour documenter une réinfection, il faut détecter l’infection à chaque épisode ; la probabilité d’y parvenir est donc très faible (d’autant plus si l’un des épisodes est asymptomatique). Puis il faut également séquencer le virus à chaque...
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