La communauté scientifique internationale est pleinement mobilisée pour évaluer les propriétés biologiques et virologiques de BA.4 et BA.5, les deux nouveaux sous-lignages d’Omicron, identifiés pour la première fois en Afrique du Sud et qui sont devenus en mai les variants prédominants dans ce pays. Ils y ont provoqué une nouvelle vague de contaminations mais de moindre ampleur que les précédentes.
Au Portugal, BA.5, qui s’est imposé à la mi-avril, est à l’origine d’un important rebond de l’épidémie de Covid-19 et d’une mortalité conséquente chez les plus de 80 ans.
Omicron comporte cinq sous-lignages désignés BA.1, BA.2, BA.3 (qui circule très peu), BA.4 et BA.5. Les variants BA.4 et BA.5 possèdent une protéine spike identique. Leur séquence génétique est très comparable à celle du variant BA.2 (dominant depuis le début de l’année), mais s’en distingue néanmoins par la présence de plusieurs mutations supplémentaires, telles que la délétion Δ69-70 et les mutations L452R et F486V. Elle ne possède cependant pas la mutation Q493R présente dans BA.2.
En quoi BA.4 et BA.5 diffèrent-ils des précédents variants de la famille Omicron ? L’équipe de Thomas Peacock de l’Imperial College de Londres a déterminé dans quelle mesure le sérum provenant de personnes vaccinées, ou infectées par BA.1 ou BA.2, ou ayant été infectées après avoir été vaccinées, reconnaît les variants BA.4 et BA.5. Leurs résultats ont été rapportés le 25 mai 2022 dans un preprint diffusé sur le site bioRxiv.
Il ressort que les sérums post-vaccination ont une capacité similaire à neutraliser tous les sous-lignages d’Omicron (BA.1, BA.2, BA.4, BA.5). Pour autant, les chercheurs ont observé une baisse du même ordre (de 6 à 15 fois) du pouvoir neutralisant des sérums d’individus triplement vaccinés (deux doses suivies d’un rappel) vis-à-vis de ces quatre variants. Plus précisément, la chute de la capacité neutralisante des anticorps contre BA.4 et BA.5 est de 8 à 10 fois inférieure. Les chercheurs soulignent l’importance du rappel dans la mesure où cette chute des capacités de neutralisation est observée malgré l’administration d’une troisième dose vaccinale. Or celle-ci entraîne une augmentation de plus de 10 fois le taux des anticorps neutralisants vis-à-vis de BA.4 par rapport à une vaccination limitée à seulement deux doses.
Chez un sujet non vacciné et n’ayant été infecté qu’une fois par BA.1, les chercheurs ont observé un titre en anticorps neutralisants 23 fois moindre contre BA.4 et BA.5 que celui contre BA.1 (et 7,6 fois moindre contre BA.2).
Ces résultats ont été confirmés dans un modèle animal, en l’occurrence chez le hamster. Le sérum de hamster recueilli après infection par BA.1 avait un titre en anticorps neutralisants contre BA.4/BA.5 70 fois inférieur à ceux capables de neutraliser BA.1 (et 9 fois moindre contre BA.2). Par ailleurs, le sérum provenant de hamsters après infection par BA.2 avait un titre en anticorps neutralisants BA.4/BA.5 6 fois inférieur à ceux des anticorps neutralisants BA.2 (et 2,3 fois moindre que le titre des anticorps contre BA.1). Ainsi, en l’absence de vaccination, une infection antérieure par BA.2, et en particulier par BA.1, entraîne une réponse en anticorps qui ne neutralise que faiblement BA.4 et BA.5.
Ces données suggèrent donc que, chez les sujets non vaccinés, BA.4 et BA.5 ne sont pas reconnus par le système immunitaire de la même façon que BA.1 et BA.2. Chez ces sujets dits « naïfs » sur le plan vaccinal, les nouveaux variants BA.4 et BA.5 présentent donc un profil antigénique particulier, très distinct de celui de BA.1 et plus proche de celui de BA.2. En d’autres termes, les anticorps dirigés contre BA.2 reconnaissent mieux BA.4 et BA.5 que ceux dirigés contre BA.1.
Par ailleurs, chez les sujets ayant été infectés par BA.1 bien que vaccinés (breakthrough-infection), une réduction de seulement 3,3 fois de la capacité neutralisante des sérums vis à vis de BA4/BA5 par rapport à celle contre BA1 a été observée. Le pouvoir neutralisant était de seulement 5,5 fois inférieur entre BA.4/BA.5 et BA.2 avec les sérums recueillis auprès de sujets vaccinés puis infectés par BA.2. Globalement, ces données suggèrent qu’une infection post-vaccinale (breakthrough-infection) par BA.1 ou BA.2 peut entraîner une hausse de la réponse neutralisante en anticorps, en l’occurrence capable de neutraliser suffi...
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