En août 2010, Baggio a pris la tête du département technique de la Fédération italienne de football (FIGC), remplaçant son prédécesseur, l'ancien entraîneur italien Azeglio Vicini. En décembre 2011, cet ancien attaquant présentait à la FIGC un projet intitulé « Renew the Future ». Mais le 23 janvier 2013, Baggio a démissionné, affirmant que la FIGC avait ignoré les idées de réforme, ce qui l'a laissé frustré et a décidé de partir.
Ce projet du Ballon d'Or 1993 touche tous les recoins du football italien. Baggio a réuni une équipe de 50 associés dévoués, comprenant des coachs, des chercheurs, des experts et des consultants, pour analyser les données et consulter des stratèges, des éclaireurs et des universitaires. Ils ont mené des recherches approfondies sur des modèles de football à succès étrangers, notamment en Espagne, en France et en Allemagne, pour constituer un dossier complet de 900 pages.
Cependant, ce projet a été largement « mis de côté ». Baggio lui-même n'a reçu qu'un accueil bref et froid, lors d'une réunion de 15 minutes avec les dirigeants de la FIGC. Ce jour-là, son projet a été « approuvé » de nom mais n’a jamais été financé ni réellement mis en œuvre. Les ressources engagées, généralement un budget de 10 millions d'euros (environ 12 millions de dollars), n'ont jamais existé et le projet est resté un « document mort » pour la FIGC.
"Mes collègues et moi avons dû attendre 5 heures dans la salle d'attente pour avoir exactement 15 minutes pour présenter le projet", se souvient Baggio. La FIGC n'a même pas permis à Baggio de présenter la partie scoutisme du projet, car elle pensait qu'elle appartenait à l'autorité du légendaire entraîneur Arrigo Sacchi - qui à l'époque était invité par la Fédération à consulter et à élaborer directement un plan.
Après sa démission, Baggio a déclaré avec amertume : "Je n'ai pas le droit de travailler. Mon plan de 900 pages n'est encore qu'un tas de papi...
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