Le moins qu’on puisse dire est que le nouveau variant Omicron initialement détecté au Botswana et en Afrique du Sud inquiète les spécialistes. Une étude, publiée sous forme de preprint sur le site medRxiv, rapporte un risque accru de réinfection associé à ce nouveau variant du SARS-CoV-2. En d’autres termes, Omicron présente une capacité accrue à réinfecter des individus préalablement infectés. Selon les auteurs, le variant Omicron serait donc capable d’échappement immunitaire.
Durant la plus grande partie de l’étude, la couverture vaccinale était très faible en Afrique du Sud. Seulement environ un quart de la population sud-africaine (caractérisée par un âge médian de 27 ans) est d’ailleurs aujourd’hui complètement vaccinée. Les chercheurs sus-africains indiquent que le statut vaccinal des individus identifiés durant cette étude comme ayant développé une réinfection n’était pas connu. À noter par ailleurs que les réinfections suspectes n’ont pas été confirmées par le séquençage génomique.
Conduite par des chercheurs sud-africains, cette étude a consisté en une analyse rétrospective des données épidémiologiques. Son objectif était de déterminer si le risque d’être réinfecté par le SARS-CoV-2 avait changé au cours du temps en Afrique du Sud en fonction des variants Beta, Delta et depuis peu Omicron. Pour ce faire, Juilet Pulliam et ses collègues du South African Centre of Excellence in Epidemiological Modelling and Analysis (SACEMA) de l’université Stellenbosch ont utilisé les données des prélèvements recueillis entre le 4 mars 2020 et le 27 novembre 2021. Leurs résultats portent sur 2,79 millions d’individus ayant eu un résultat positif pour le SARS-CoV-2 au moins trois mois avant le 27 novembre 2021.
Les personnes ayant un résultat positif à au moins 90 jours d’intervalle d’un précédent test positif ont été considérées comme présentant une possible réinfection. Une période de 90 jours entre deux tests positifs réduit grandement la possibilité qu’un tel résultat puisse être dû à une excrétion prolongée du virus.
Signal d’échappement immunitaire au niveau populationnel
Les résultats montrent que le variant Omicron est clairement associé, à l’échelle populationnelle, à une capacité notable d’échapper au système immunitaire chez des individus préalablement infectés, ce qui se traduit par un risque accru de réinfection. Un tel risque de présenter une nouvelle infection après avoir déjà contracté le SARS-CoV-2 n’a en revanche pas été observé avec les variants Beta (ex-variant B.1.351 dit sud-africain) et Delta (...
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