Les humains visitent Merri Creek depuis des millénaires. La voie navigable serpente depuis Wallan, au nord de Melbourne, jusqu'à travers l'étendue de la banlieue et se jette dans la rivière Yarra. Les Wurundjeri, les propriétaires traditionnels, campaient autrefois sur les rives de Merri, déterraient des marguerites et ramassaient des coquillages dans le lit du ruisseau. Lorsque le fondateur de Melbourne, John Batman, tomba par hasard sur le ruisseau en 1835, il griffonna une note dans son journal le décrivant comme un « joli ruisseau d'eau ».

Près de 185 ans plus tard, Trevor Lithgow, biochimiste à l'Université Monash, et un étudiant dont il avait la charge ont visité ce même joli ruisseau, se sont penchés sur sa rive avec une fiole vide attachée à un manche à balai et ont récupéré un double verre d'eau. Ils ont mis l’échantillon dans un sac et l’ont ramené pour l’examiner dans leur laboratoire.

Là, ils ont mélangé l’échantillon avec une culture de Klebsiella pneumoniae, une bactérie en forme de bâtonnet, répandue dans la nature, qui colonise l’estomac humain et tapisse nos intestins. Il forme des colonies ressemblant à de la morve, engloutissant et fermentant le lactose pour se nourrir. Habituellement, Klebsiella est inoffensive.

Mais dans certaines situations, Klebsiella peut s’établir en dehors de l’intestin – et devenir alors une menace. "Vous ne voudriez pas avoir une infection provoquée par Klebsiella", explique Lithgow.

Klebsiella est définie par l'Organisation mondiale de la santé comme un « agent pathogène prioritaire ». Certains préfèrent l’appeler une « superbactérie ». Il s’agit d’une bactérie qui constitue une menace majeure pour la santé mondiale, car certaines souches ont évolué pour échapper à nos médicaments les plus puissants, dans le cadre d’un processus connu sous le nom de résistance aux antimicrobiens (RAM).

À Merri Creek, Lithgow espérait trouver quelque chose que Klebsiella ne pourrait pas échapper.

L’OMS note que la RAM « met en péril de nombreux acquis de la médecine moderne » car elle diminue notre capacité à lutter contre les maladies infectieuses, rendant la chirurgie et la chimiothérapie de routine beaucoup plus risquées.

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Mais comment en est-on arrivé à ce pétrin ? Les antimicrobiens – médicaments contre les bactéries (antibiotiques), les virus (antiviraux), les parasites (antiparasitaires) et les champignons (antifongiques) – jouent un rôle crucial dans notre réponse aux maladies depuis la découverte de la pénicilline à la fin des années 1920. Les antimicrobiens agricoles sont apparus dans les années 1930 et, dans les années 1940, la pénicilline avait considérablement réduit les souffrances et les décès chez l'homme, ouvrant ainsi l'ère d'or des antibiotiques.

Dans les années 1960, les scientifiques et les chercheurs ont réalisé que nos armes chimiques pouvaient avoir des ratés : les microbes pathogènes ont développé de meilleures défenses, échangeant et modifiant des éléments de leur ADN pour améliorer leur propre survie.