Claude-Alexandre Gustave : Tout d’abord il convient de préciser de quel variant nous parlons. L’expression « variant brésilien » peut prêter à confusion car selon les publications elle peut se référer à au moins 3 variants différents : la lignée B.1.1.28, ainsi qu’à deux « descendants » appelés variant P.1 (initialement décrit à Manaus), et variant P.2 (initialement décrit à Rio). Ces 3 lignées sont apparentées mais c’est bien le variant P.1 qui est le plus préoccupant et au cœur de la surveillance génomique. L’évaluation de sa diffusion est difficile car elle repose d’une part sur la détection des infections par SARS-CoV-2, et d’autre part sur la surveillance génomique (séquençage) pour identifier formellement le variant associé à ces infections. Dans le premier cas, l’OMS estime que seules 10% des contaminations sont effectivement détectées (en France, nous en détectons 30%). Quant au séquençage, hormis quelques pays où il est très intense (Royaume-Uni, Danemark, Australie, Japon…), la plupart des pays ne séquencent guère plus de 1 à 2 échantillons pour 1000 positifs (2,4 pour 1000 en France) ! Les données relatives à la diffusion de ce variant P.1 doivent donc être analysées avec prudence car elles sont probablement très lacunaires.
Source : https://covidcg.org/
A ce jour, ce variant est évidemment présent au Brésil où il représente près de 40% à 50% des séquences analysées et semble avoir écrasé la diffusion du variant britannique B.1.1.7. Il a également été détecté dans 37 autres pays, soit sous forme de cas sporadiques (liés à des importations ponctuelles via des voyageurs), soit associé à des contaminations communautaires (avec des chaînes de contamination impliquant des personnes n’ayant pas voyagé).
Source : https://www.who.int/publications/m/item/weekly-epidemiological-update---16-march-2021
En France, les premiers cas associés à ce variant P.1 ont été officiellement recensés le 04/02/2021 dans le Var, en région AURA, et à La Réunion. Parmi ces cas on recensait notamment une importation directe depuis Manaus via un transit par Sao Paulo, Francfort puis Marseille ; ou une contamination d’un soignant exerçant dans les hôpitaux de Genève et associée à une dizaine de cas secondaires en France. Des cas sont régulièrement détectés, encore récemment chez un écolier et dans l’entourage d’un collégien dans l’Orne, provoquant la fermeture de 2 classes. Cependant, d’après les données récentes fournies par Santé Publique France via les « enquêtes flash », on note que la proportion du variant P.1 reste très faible parmi les séquences analysées (de l’ordre de 0,1% début mars). Il est encore tôt pour évaluer la menace que représente ce variant en France. On sait qu’il est notamment porteur de mutations associées à une transmissibilité accrue (notamment la N501Y), ainsi que de mutations associées à l’échappement immunitaire (notamment E484K et K417T). Il possède donc un potentiel préoccupant mais semble pour l’instant contenu. Il faut cependant rappeler que « l’ensemencement » du territoire par ce variant (nombre de cas initialement importés) est très nettement inférieur à ce que nous avons observé avec le ...
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