La taupe dorée de De Winton a été observée pour la dernière fois en 1937 sur la côte nord-ouest de l’Afrique du Sud, puis déclarée officiellement perdue. Cette taupe aveugle irisée dotée de super pouvoirs auditifs échappe au contact avec les humains et « nage » à travers les dunes de sable, ce qui la rend très difficile à localiser. Mais en novembre 2023, une équipe d’écologistes et de généticiens de l’Endangered Wildlife Trust, de l’Université de Stellenbosch et de l’Université de Pretoria a découvert la taupe après avoir suivi son ADN environnemental à travers les dunes de sable. La biologiste moléculaire Samantha Mynhardt faisait partie de l'équipe qui a trouvé la taupe. Nous lui avons posé des questions à ce sujet.
Les taupes dorées sont de petits animaux insaisissables qui passent presque toute leur vie sous terre. Ils sont très rarement vus par les humains. Certaines espèces remontent occasionnellement à la surface pour se nourrir d'insectes, généralement uniquement la nuit. Dans la plupart des cas, le seul signe d’activité de la taupe dorée est une crête surélevée à la surface du sol, indiquant un tunnel peu profond en dessous. Pour les espèces vivant dans le sable, comme la taupe dorée de De Winton (Cryptochloris wintoni), même ces crêtes sont difficiles à trouver, car les tunnels souterrains s'effondrent dans le sable mou.
Un tunnel utilisé par la taupe dorée de De Winton à Port Nolloth, en Afrique du Sud. Samantha Mynhardt, CC BYLire la suite : Utiliser de nouvelles techniques pour suivre les amphibiens en voie de disparition au Kenya
La taupe dorée de De Winton a été gravement affectée par les activités minières de diamants et de minéraux sur la côte ouest de l’Afrique du Sud et nous soupçonnons que sa population a considérablement diminué au cours du siècle dernier. L'espèce a été détectée pour la dernière fois en 1937 dans la petite ville portuaire de Port Nolloth, sur la côte nord-ouest de l'Afrique du Sud. Pendant les 86 années suivantes, elle a échappé aux scientifiques, probablement en raison des difficultés rencontrées pour la localiser et la piéger et parce qu’une taupe d’apparence similaire, la taupe dorée de Grant (Eremitalpa granti), était toujours présente dans la région.
Les espèces perdues sont celles qui ont été perdues pour la science depuis au moins 10 ans, et souvent bien plus longtemps. Les espèces éteintes sont différentes : une espèce est présumée éteinte lorsqu'elle n'a pas été détectée pendant plus d'une génération au cours de sa vie, malgré des études exhaustives de son habitat. Même si la taupe dorée de De Winton n’avait pas été observée depuis plus de 80 ans et était présumée éteinte, aucune recherche approfondie n’avait eu lieu et elle était donc toujours considérée comme « perdue ».
En 2020, nous avons mené une étude pilote dans la baie de Lambert, où vit l’espèce sœur de De Winton, la taupe dorée de Van Zyl (Cryptochloris zyli), une espèce en voie de disparition. Cette étude a montré que nos techniques de détection des taupes dorées fonctionneraient.
Jessie le border collie et l'équipe humaine qui ont découvert la taupe dorée perdue de De Winton. De gauche à droite : Esther Matthew, Cobus Theron, Samantha Mynhardt et JP le Roux. Nicky Souness, CC BYEn juillet 2021, nous avons commencé notre expédition le long de la côte ouest jusqu’à Port Nolloth, le seul site où la taupe dorée de De Winton ait jamais été trouvée. Nous avons étudié des sites le long d'une bande côtière de 300 km, depuis l'embouchure de la rivière Groen vers le nord jusqu'à la baie d'Alexandra. Notre équipe de cinq personnes, dont le border collie Jessie et moi, avons mené des enquêtes à pied pendant une semaine, explorant chaque jour 18 km d'habitat de dunes. Jessie n’avait visiblement jamais rencontré de taupe dorée de De Winton auparavant et n’était pas formée pour détecter l’espèce. Cependant, elle avait été dressée sur d’autres taupes dorées et nous savions qu’elle nous le ferait savoir si elle sentait l’odeur de ces espèces plus communes. Lorsque l’équipe a découvert des tunnels de taupes dorées et que Jessie n’était pas intéressée, nous avons eu la bonne idée que nous avions trouvé quelque chose de « nouveau ».
Nous avons collecté plus de 100 échantillons de sol à l’intérieur de leurs tunnels souterrains. Les animaux rejettent leur ADN dans leur environnement, généralement sous forme de cellules cutanées, de poils, d'excrétions et de sécrétions. Cet ADN environnemental (ADNe) est si petit qu’il est invisible à l’œil humain. Nous avons ensuite extrait l’ADNe du sol en laboratoire et l’avons séquencé par code-barres. La séquence d’ADN correspondait à une séquence de référence de De Winton, générée en 2010 à partir d’un spécimen de musée conservé au Musée national d’histoire naturelle de Ditsong.
J'avais recherché des moyens alternatifs non invasifs pour étudier les taupes dorées, après avoir été confronté à l'immense défi de les piéger dans la nature pour collecter des échantillons génétiques. Le programme de conservation des terres arides de l’Endangered Wildlife Trusts a reçu un financement de Re:wild, une organisation à but non lucratif fondée par un groupe de scientifiques renommés en conservation avec Leonardo DiCaprio, qui avait classé la taupe dorée de De Winton parmi les espèces perdues les plus recherchées au monde. Nous nous sommes donc associés pour rechercher cette taupe.
Même si de nombreuses personnes doutaient que la taupe dorée de De Winton soit toujours présente, nous étions convaincus que l’espèce n’avait pas encore disparu. Nous étions convaincus qu’il suffirait de la bonne méthode de détection, du bon timing et d’une équipe passionnée par sa recherche. Nous avons désormais trouvé un moyen de retrouver d’autres espèces perdues ou en péril grâce au suivi de l’ADNe.
L'activité de la taupe dorée était particulièrement abondante sur la plage de la baie McDougal à Port Nolloth, il est donc probable qu'il y ait une population en bonne santé là-bas. Nous avons également détecté la présence de taupes dorées de De Winton sur d’autres sites, ce qui indique que l’espèce pourrait être plus répandue. Malheureusement, nous ne sommes pas en mesure d’estimer la taille de la population à ce stade, mais les recherches futures devraient s’efforcer de le faire.
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Même si nous espérions trouver des preuves ADNe de la taupe dorée de De Winton, nous ne nous attendions pas à voir un animal vivant. Mais nous avons capturé une taupe dorée à Port Nolloth et avons confirmé qu’il s’agissait d’une taupe dorée de De Winton après avoir effectué des prélèvements et séquencé l’ADN. Depuis, nous avons trouvé une deuxième taupe dorée de De Winton dans la même zone.
Nous sommes incroyablement enthousiasmés par cette découverte. La redécouverte de la taupe dorée de De Winton nous offre l’opportunité d’en apprendre davantage sur ce petit mammifère fascinant et mal connu. Cela offre également l’opportunité de relancer les efforts de conservation des taupes dorées menacées et nous donne l’espoir de trouver d’autres espèces présumées éteintes.