Les scientifiques commencent tout juste à comprendre ce qui déclenche, à la base, le changement d'orientation des vents responsables des phases El Niño et La Niña, et ce qui influence ensuite leur durée. Le mécanisme est à l'origine issu d'un phénomène géologique, mais les émissions de gaz à effet de serre semblent dorénavant aussi jouer un rôle.   

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